A estrutura organizacional da Prefeitura de Capitão constitui-se da seguinte forma:
1 – Gabinete do Prefeito
2 – Secretaria Municipal de Administração e Finanças.
2.1 – Departamento Recursos Humanos;
2.2 – Departamento de Compras e Licitações;
2.3 – Departamento de Fazenda Pública e Divisão de Cadastro Imobiliário;
2.4 – Departamento de Informática;
2.5 – Departamento de Contabilidade;
3 – Secretaria Municipal de Obras, Viação e Serviços Urbanos;
3.1 – Departamento Municipal de Trânsito;
3.2 – Departamento Municipal de Água e Divisão de Água Rural;
3.3 – Departamento Municipal de Infra Estrutura;
3.3.1 – Divisão de Infra Estrutura Rural;
3.3.2 – Divisão de Infra Estrutura Urbana;
4 – Secretaria Municipal da Agricultura;
4.1 – Departamento Municipal do Meio Ambiente;
5 – Secretaria Municipal da Educação Cultura e Esporte;
5.1 – Departamento Municipal de Cultura;
5.1.1 – Núcleo de Etnia Italiana;
5.1.2 – Núcleo de Etnia Alemã;
5.1.3 – Núcleo do Tradicionalismo Gaúcho
5.2 – Departamento Municipal de Esportes;
6 – Secretaria Municipal da Saúde;
6.1 – Departamento de Vigilância Sanitária e Ambiental;
6.2 – Departamento de Saúde Mental;
7 – Secretaria Municipal da Assistência Social, Trabalho e Habitação;
7.1 – Departamento de Assistência Social/Centro de Referência de Assistência Social CRAS;
7.2 – Departamento de Trabalho;
7.3 – Departamento de Habitação;
A estrutura organizacional possui ainda outros órgãos consultivos e de desconcentração administrativa:
1 – Núcleos de Interesse Comum da União e Estado e Conselhos Municipais.